分析项目
类别
分析
备注
1.
原始数据整理、过滤及质量评估
A
√
2.
参考基因组注释信息整理
3.
比对到参考基因组及结果评估
4.
eggNOG分类分析
5.
基因表达量统计
6.
表达差异基因分析
7.
表达差异基因GO富集分析
8.
表达差异基因KEGG富集分析
9.
表达差异基因聚类分析
10.
PCA分析
11.
组间共有特有差异基因可视化
B
实验分组≥3
12.
cSNP分析
13.
新转录位点预测
14.
操纵子预测分析
15.
UTR分析
16.
antisense RNA分析
图1 RPKM密度分布图2 样品相关性检验 图3 RPKM饱和度
图4 MA图
派森诺生物原核转录组测序用到哪些试剂？
1）RNA提取：Trizol Reagent；
2）核糖体RNA去除：IlluminaRibo-Zero™ Magnetic Kit；
3）文库构建：IlluminaTruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit；
4）上机测序IlluminaNextSeq™500 High Output Kit v2。
原核转录组去除核糖体RNA效率如何？
目前针对原始生物转录组测序，根据物种的具体情况我们会采用Illumina核糖体RNA去除试剂盒进行rRNA去除，这些试剂盒的rRNA去除效率一般都在98%以上。
