定量蛋白质组学，是对研究对象基因组表达的所有蛋白质或者一个混合体系中的目标蛋白质进行精确定量和定性的蛋白质组学。用来探索蛋白质作用模式、功能机理、调节控制以及蛋白质群体内的相互关系，从而获得对不同处理过程、生理状态、及其调控网络的全面而深入的认识，以揭示生命活动的基本规律。根据技术手段的区别，分为iTRAQ/TMT 标记定量蛋白质组， Label Free 非标记定量蛋白质组。

方案设计

定量蛋白组学的实验设计思路为差异比较，获得不同处理或生理状态下的蛋白质表达变化，从而探索不同处理或生理状态之间的差异机制，同时也可为植物抗逆、育种保护，肉及乳制品品质研究，动物致病研究等诸多应用领域提供理论依据。蛋白组学实验，一般建议样本重复数不少于 3 个，野外样本重复数大于 6 个，生物学重复越多越好。

iTRAQ标记定量蛋白质组学 

样本要求

项目流程

TMT标记定量蛋白质组学 

样本要求

项目流程

Label Free非标记定量蛋白质组学 

样本要求

项目流程

SILAC细胞蛋白质组分析技术 

样本要求

项目流程

分析内容展示

差异蛋白火山图

KEGG 富集分析

GO 富集分析图

差异蛋白双向聚类热图

KEGG 代谢通路图

蛋白网络互作图

Input是什么，有什么作用

input是指样本经过超声，但是没有进行ChIP，包含样本超声后总DNA，可以进行电泳，检测超声效果，同时，可以与最后ChIP样本进行比较，看ChIP的效率（如果用同一引物进行PCR，ChIP组和input组亮度差不多，说明ChIP效率高，基本上，样本中所有的目的基因片段都被ChIP下来了，反之，说明效率低，实验条件有待改进）

ChIP-seq测序需要多少数据量？

推荐20M reads /样本的数据量。

ChIP-Seq是所有物种都能做吗

不是，研究对象应该是有参考基因组的动物，注释完整。

文库制备过程是否需要PCR 扩增？PCR 扩增后是否会影响最后的结果？

基于第二代测序平台的ChIP-Seq在文库制备过程中需要进行PCR，主要是为了获得足够上机反应的DNA量，如果提供的DNA样品足量，可减少PCR循环数。因此由PCR引起的偏向性非常小。

DNA 片段范围的跨度会对后续测序有影响吗？

有影响，定量准确性、测序质量与数据产量都可能受到影响，而且跨度越大，影响越大。通常我们要求打断后DNA电泳主带在100-500 bp 范围内，主峰介于200-300 bp。目前在建库过程中允许的最长跨度为200 bp。

ChIP-Seq是否需要做阴性对照测序？

通常可以选择Input作为对照进行测序，也可根据经费情况灵活安排。

哪些因素会影响ChIP-Seq的结果？

抗体的质量与特异性、实验设计、ChIP的实验操作、DNA片段长度范围、测序深度、测序质量等都会影响ChIP-Seq的结果。